缸瓦市教堂为英国伦敦会（London Missionary Society）于1863年所建。英国伦敦会是近代最早到中国，也是最早到北京传教的西方宣教团体。
1861年，伦敦会差派雒魏林（William Lockhart，1811年-1896年)在北京东城设立诊所（协和医院的前身）兼传教。
1863年，伦敦会北京负责人艾约瑟(Joseph Edkins 1823年-1905年)在西城设立福音事工点，这就是缸瓦市教堂的前身，也是北京最早的基督教堂。同年，伦敦会又差派格拉斯哥大学毕业的26岁医学博士德贞（John Dudgeon，1837年-1901年)来北京传教。他于次年3月到达北京后，在缸瓦市购房建立医院并兼作教堂，一面行医一面传教。
1900年6月13日，缸瓦市教堂与北京城内其他十余座教堂在同一天被义和团烧毁。
1903年3月16日，伦敦会用当时通用的松江银二千一百两，在缸瓦市从房主奎瑶手中购地建堂。当时教堂分南北两院，南院占地1.93亩，房32间半，建有小礼拜堂一座，用作副堂和牧师住宅；北院3.32亩，房54间半，建有大礼拜堂一座。
1919年-1928年，缸瓦市教堂由宝乐山先生（蒙古族）主持事工。1922年改建新堂，就是现在仍在使用的主堂。同年加入“中华基督教会”，实行自立自养，并在教堂南院开办仁济医院，北院开办小学，形成教堂、医院和学校一体的格局。
1929年-1949年，缸瓦市教堂由石云浦牧师（满族）主持工作。
1950年-1958年，吕仲岩牧师继任本堂工作。1951年向政府登记时，仅有工作人员4人，义工11人，信徒120人。
1958年后，北京基督教各宗派都被集中于缸瓦市教堂举行礼拜，称为北京基督教西堂，由刘仲和牧师主持工作。
1966年，文化大革命开始后，缸瓦市教堂被迫停止聚会。
1980年7月13日，缸瓦市教堂恢复礼拜，成为文化大革命后第一间恢复礼拜的教堂。祁廷铎牧师为主任牧师，后调任北京燕京神学院任副院长。
1986年-1993年，杨毓东牧师为主任牧师。
1993年-2002年7月，于新粒牧师为主任牧师。
2002年7月-10月，吴巍牧师为主任牧师。
2002年10月至今，杜凤英牧师为主任牧师。
1949年前后和文革期间，陆续有居民和单位占用缸瓦市教会的教产和土地。目前归属教堂使用的房屋已有三分之二。南院房产已经落实，但仍有居民居住，尚未归还教会使用。
1996年，为缓解缸瓦市教堂的聚会压力，在主堂的南侧扩建了副堂。2008年，主堂北侧教产得以收回，建小礼拜堂和教会其他附属房屋。
目前，北京基督教会缸瓦市堂有信徒5000多人参加主日崇拜，每个主日有四次礼拜。杜凤英牧师为主任牧师，同工还有张锦星牧师和刘新元传道、朱健传道、孙乃木传道、田昊传道、刘璐传道、吉敏传道。
